Joaquín Caparrós tomó el relevo de Javier Irureta en el banquillo blanquiazul después de siete campañas con el vasco al frente. La andadura del utrerano comenzó con el reto de devolver al equipo a Europa a través de la Copa Intertoto. Un arbitraje muy desfavorable en el partido de vuelta de la final, en Marsella ante el Olympique, tumbó a los deportivistas. En la Liga, el Dépor se movió siempre en la zona media-alta de la clasificación, llegando al ecuador del campeonato a un solo punto de la zona de Liga de Campeones. Una irregular segunda vuelta, cerrada con un solo triunfo en las últimas siete jornadas, dejó al equipo fuera de Europa, en la 8ª plaza, a solo dos puntos del Villarreal, clasificado para la Copa Intertoto. La vía europea a través de la Copa del Rey también se había cerrado con anterioridad. El Dépor quedó en la cuneta en semifinales. El Espanyol se impuso 2-1 en la ida en Montjuich. En la vuelta, los blanquiazules fueron incapaces de ver puerta.

Liga (Primera División) 8º con 55 puntos (15 v, 10 e, 13 d, 47 gf, 45 gc)
Copa del Rey Semifinalista (elimina a Osasuna y Valencia, eliminado por el Espanyol)
Copa Intertoto Finalista (elimina a Buducnost Podgorica, Slaven Belupo Koprivnica y Newcastle United, eliminado por el Olympique de Marsella)