A campaña 1990-1991 planificouse coa experiencia de xente curtida en Primeira e alcanzáronse os 17.500 socios. O obxectivo era o ascenso. Tivo que ser outra vez nos últimos compases cando se decidiu o futuro do Club coruñés, mais despois dos anos de sufrimento en Segunda, conseguiuse o merecido premio. Tras gañar ao Murcia a cor branquiazul estendeuse pola Coruña e por toda Galicia: o Dépor era, dezaoito anos despois, de Primeira.

Após un duro ano de regreso, en que se logrou a permanencia tras unha igualadísima Promoción fronte ao Betis, comezou o despegamento. Ese mesmo verán, no que o Club se converte en Sociedade Anónima Deportiva, aterran na Coruña, desde Brasil, Mauro Silva e Bebeto.

A partir dese momento sucedéronse as boas noticias. Unha remontada ante o Real Madrid en Riazor supuxo o nacemento do equipo coñecido como "SuperDépor", que logrou o honorífico título de "campión de inverno" e alcanzou a primeira clasificación do Club para competición europea. Medios de comunicación do mundo enteiro visitaban A Coruña para achar a resposta a como un equipo dunha cidade dun cuarto de millón de habitantes era capaz de facer sombra aos xigantes do fútbol español.

Despois de perder da maneira máis tráxica posible, en 1994, unha Liga que dominou practicamente de punta a cabo, chegou o segundo título oficial da historia, 83 anos después do primeiro, a Copa do Rei de 1995, unida a un novo subcampeonato ligueiro e ao tercer trofeo, a Supercopa de España.

A marcha de Arsenio Iglesias dun banco branquiazul que se voltou máis inestable que nunca, ademais da saída de Bebeto, supuxo un punto de inflexión. O Dépor deixou de pelexar pola Liga, aínda que alcanzou as semifinais da Recopa de Europa e unha terceira praza na división de honra, antes de lograr o maior éxito da súa historia.

Tras alcanzar, no primeiro ano con Javier Irureta no banco, unha nova clasificación para a Copa da UEFA, o Club herculino conquistou a Liga de Primeira División na Temporada 1999-2000, converténdose así no noveno equipo en facelo, despois de Barcelona, Athletic Club, Real Madrid, Betis, Atlético de Madrid, Valencia, Sevilla e Real Sociedad. O Deportivo conseguía deste xeito a clasificación directa para participar, por primeira vez na súa historia, na Liga de Campións de Europa. E, ao comezo da tempada seguinte, levantaba un novo trofeo, o quinto da súa Historia, ao impoñerse ao Espanyol na Supercopa de España.